Latem 1992 Martín Vázquez podpisał kontrakt z francuskim Olympique Marsylia będąc tym samym kolejnym obcokrajowcem w składzie obok Abédiego Pelé, Rudiego Völlera, Igora Dobrowolskiego i Alena Bokšicia. Nie miał pewnego miejsca w składzie Olympique i spędził tam tylko rundę jesienną, w której zdobył jednego gola w 7 meczach. Wiosną klub z Marsylii już bez niego sięgnął po Puchar Mistrzów.
Na początku 1993 roku Rafa wrócił do Realu po 2 i pół roku przerwy. Do końca sezonu był jego podstawowym zawodnikiem i wtedy też wywalczył wicemistrzostwo Hiszpanii, a także zdobył Puchar Króla. W sezonie 1993/1994 „Królewscy” nie odnieśli sukcesu ani na arenie krajowej, ani międzynarodowej, ale w 1995 roku zostali mistrzem kraju pierwszy raz od 5 lat. Był to też ostatni sezon w Realu dla Martína Vázqueza, który w barwach madryckiej drużyny wystąpił łącznie w 252 ligowych meczach i zdobył 42 gole.