Fascynacja Koliqiego kulturą włoską sprawiła, że akceptował politykę włoską w okresie rządów Mussoliniego, w tym także włoską okupację Albanii. 16 kwietnia 1939 był członkiem delegacji albańskiej, która udała się do Rzymu, aby prosić króla Włoch Wiktora Emanuela III o przyjęcie korony albańskiej. Z rąk włoskich przyjął nominację na stanowisko ministra edukacji i pełnił je do 1941 r. W tym samym czasie przygotował dwutomową antologię dzieł pisarzy albańskich – Shkrimtarët shqiptarë, wydaną w Tiranie w 1941 r. Od 1940 r. kierował wydawanym w Tiranie pismem Shkëndija. Największą zasługą Koliqiego, jako ministra edukacji było powołanie do życia w zjednoczonym z Albanią Kosowie sieci szkół albańskojęzycznych i zapewnienie stypendiów dla Albańczyków, umożliwiających studia we Włoszech i w Austrii.
W 1942 r. Koliqi stanął na czele Instytutu Studiów Albańskich (alb.: Instituti i Studimevet Shqiptare), poprzednika Akademii Nauk Albanii. W 1943 r., już w okresie okupacji niemieckiej stanął na czele Faszystowskiej Wielkiej Rady, którą to funkcję pełnił formalnie do 1944. Po klęsce Niemiec Koliqi wyjechał do Włoch, gdzie pozostał do swojej śmierci. W 1949 uczestniczył w tworzeniu organizacji Blloku Independent, skupiającej antykomunistyczną emigrację albańską w Rzymie.