Bonifratrzy nieśli pomoc nie tylko ludności cywilnej, ale także żołnierzom na polach walk. Byli obecni m.in. podczas wyprawy wiedeńskiej króla Jana III Sobieskiego oraz innych bitew toczonych na ziemiach polskich w tych czasach.
W ciągu wieków XVII i XVIII na terenie Rzeczypospolitej Obojga Narodów powstało 18 klasztorów i szpitali, z których już w 1633 roku utworzona została prowincja polsko-litewska pod wezwaniem Zwiastowania Najświętszej Marii Panny z własnym prowincjałem. Z polskich konwentów wywodziło się wielu wybitnych prowincjałów, jak np. Iluminat Chudziński – pierwszy Polak pełniący tę funkcję, a także znakomici lekarze, z których największą sławę zyskał sobie brat Ludwik Perzyna, autor licznych dzieł z zakresu anatomii, położnictwa, chirurgii, higieny oraz oświaty medycznej. Bonifratrzy byli też prekursorami leczenia zaburzeń psychicznych w Polsce, co ma odzwierciedlenie w mowie potocznej – określenie „iść do czubków” ma źródło w leczeniu u tych zakonników, ze względu na ich habity zaopatrzone w charakterystyczny, spiczasty kaptur.