W tamtym czasie, pośród członków KDP, coraz bardziej powiększał się rozłam pomiędzy dwie grupy, którymi byli z jednej strony zwolennicy Dżalala Talabaniego i Ibrahima Ahmada oraz z drugiej Barzaniego. Mustafa na szóstym zjeździe partii w lipcu 1964 roku usunął z partii Talabaniego oraz Ahmada, którzy po tym wydarzeniu uciekli ze swoimi zwolennikami do Iranu. Barzani w ten sposób przejął pełną kontrolę nad partią na terenie Iraku.
Po krótkim rozejmie zawiązanym z prezydentem Arifem, Barzani ponownie wypowiedział wojnę rządowi irackiemu. Walki toczyły się ponad rok, kiedy to w kwietniu 1966 prezydent Arif zginął w wypadku helikoptera. To zdarzenie na niedługi czas wywołało zamieszanie wśród władz w Bagdadzie i dało czas siłom kurdyjskim na umocnienie. Jednak już w tym samym miesiącu fotel prezydenta objął brat zmarłego Abd ar-Rahman Arif, który nie zamierzał kończyć walk z Kurdami. Dopiero propozycja premiera Abd ar-Rahmana al-Bazzaza, którą KDP zaakceptowała w listopadzie 1966, zakończyła tymczasowo walki na terenie Iraku. Barzani jednak nie zamierzał zrezygnować ze starań o uzyskanie kurdyjskiej autonomii i cały czas zwiększał swoje poparcie na terenie irackiego Kurdystanu.