Od 5 stycznia 1945, w stopniu majora, pełnił służbę w Wydziale Sądownictwa Wojennego na stanowisku szefa Oddziału Ustawodowczo-Prawnego. Następnie pełnił w funkcję szefa wydziału orzekającego w sprawach zbrodni wojennych w Najwyższym Sądzie Wojskowym, zaś w latach 1945–1946 wiceprezesa tego sądu.
Od 1945 r. członek Polskiej Partii Robotniczej/Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej.
5 grudnia 1946 r. dr inż. Muszkat został zdemobilizowany z wojska w stopniu pułkownika z prawem do noszenia munduru, jak czytamy for his heroic combat against Germany tj. za swój heroiczny wkład w walce przeciwko NiemiecI. Kowalski, A secret press in Nazi Europe: the story of a Jewish united partisan, Central Guide Publishers New York, s. 379..
W latach 1945–1946 został mianowany przez Ministerstwo Sprawiedliwości szefem Głównej Komisji Badania Zbrodni Niemieckich w Polsce. Między innymi wraz z prof. T. Cyprianem, reprezentował Polskę przy Komisji Narodów Zjednoczonych do Spraw Zbrodni Wojennych w LondyniePrzegląd Zachodni, tom XII, Poznań 1956, s. 137..