przetłumaczone i opatrzone komentarzem dzieło Francisa Bacona, Novum OrganumW trakcie działań wojennych zniszczeniu uległy 4 egzemplarze Novum Organum zlokalizowane w różnych miejscach Warszawy., a także słownik filozoficzny rozpoczęty we współpracy z innymi autorami. Zniszczeniu uległy także maszynopisy monografii pt. Prakseologia ogólna, które zrekonstruowane i poszerzone o nowe treści zostały wydane w 1955 roku pt. Traktat o dobrej robocie. Po powstaniu wysiedlony, przeniósł się najpierw do Gorzkowic, potem do Radomia, gdzie prowadził konspiracyjny kurs filozofii wspólnie z Januszem Chmielewskim. 29 grudnia 1945 jako poseł bezpartyjny został dokooptowany do Krajowej Rady Narodowej.
Dnia 4 października 1946 r. zmarła pierwsza żona profesora, Wanda z Baumów, została pochowana na cmentarzu ewangelicko-reformowanym w Łodzi. 20 października 1947 r. Kotarbiński wstąpił w związek małżeński z Janiną Kamińską, dr filozofii, profesor Uniwersytetu Łódzkiego.