Bitwa Prawą flankę wojsk Babura osłaniało miasto i przedmieścia Panipatu. W centrum znajdowały się przygotowane uprzednio barykady, za którymi schronili się kanonierzy i żołnierze uzbrojeni w muszkiety. Po lewej stronie wykopano natomiast doły oraz ustawiono osłony ze zwalonych drzew. Tutaj ustawiły się liczące od 100 do 150 ludzi oddziały konnych łuczników. Część swojej kawalerii Babur trzymał w rezerwie. Siły te otrzymały rozkaz zaatakowania przeciwnika z flanki i wyjście na jego tyły.
Wczesnym rankiem dnia 21 kwietnia wojska Ibrahima rozpoczęły powolny marsz w kierunku prawej flanki przeciwnika. Po dotarciu do szańców ruch wojsk stał się wolniejszy, jednak napierające z tyłu kolejne jednostki spychały swoich towarzyszy wprost na pozycje Babura. W tym momencie Babur wydał swojej kawalerii rozkaz ataku na wroga z obu flanek i odcięcie mu odwrotu. Na lewej flance tymczasem wybuchły zażarte walki, co skłoniło Babura do wysłania tam posiłków z centrum. Równocześnie zaatakowane zostało prawe skrzydło, jednak ani Hindusom, ani też Afgańczykom nie udało się przełamać linii obronnych Babura. Artyleria oraz broń palna uczyniła w gęstych szeregach atakujących liczne krwawe wyłomy.