Okupowany kraj W okupowanej przez Niemców Polsce kompetencje do nadawania Krzyża Zasługi z Mieczami przysługiwały Komendzie Głównej Armii Krajowej. Po raz pierwszy odznaczono nim 30 grudnia 1942 pracowników PWB/17 w związku z zakończeniem prac związanych z produkcją banknotów. Przyznawany był bojownikom AK (w tym organizacji scalonych takich jak OW PPS, SOB i NOW) zarówno za pracę konspiracyjną, jak i walkę zbrojną o odzyskanie niepodległości. Nadawany był także bojownikom niektórych niescalonych z AK organizacjami min. Batalionów Chłopskich, Polskiej Armii Ludowej i Narodowych Siły Zbrojnych (do czasu ustanowienia Krzyża Narodowego Czynu Zbrojnego).
W Armii Krajowej łącznie przyznano do 1945 16 474 krzyży w tym 1377 złotych, 9258 srebrnych i 5839 brązowych. W czasie okupacji większość kawalerów otrzymywała jedynie zaświadczenia o odznaczeniu Krzyżem Zasługi z Mieczami. Nadawane rzadko egzemplarze stanowiły w większości przedwojenne cywilne Krzyże Zasługi z dołożonymi mieczami albo lokalne kombinacje grawerskie np. niemiecki Krzyż Zasługi Wojennej z umieszczonym w miejscu swastyki monogramem RPZbigniew Krotke, Polski Krzyż Zasługi 1923-2000, 396-398..