Incydent ten, spowodował, że kontrakt z Wisłą był zagrożony, jednakże w następnym sezonie Baszczyński reprezentował barwy Mistrza Polski. Spotkanie z Górnikiem było ostatnim meczem Baszczyńskiego w barwach Ruchu, ostatecznie w sezonie 1999/2000 piłkarz zaliczył 24 występy w Ekstraklasie zdobywając jedną bramkę oraz jedną samobójczą i dwukrotnie został ukarany żółtą kartką.
Wisła Kraków 2000/2001 W Wiśle Kraków Baszczyński zadebiutował w meczu pierwszej kolejki ligowej z Ruchem Radzionków, za trenera Oresta Lenczyka, który prowadził go wcześniej w Ruchu Chorzów. W meczu 6 kolejki z Odrą Wodzisław Śląski, Baszczyński zdobył swoją pierwszą bramkę dla Wisły w 45 minucie otwierając wynik spotkania (rezultat na 2:0 ustalił w 75 minucie Radosław Kałużny).
28 września Baszczyński strzelił samobójczą bramkę w rewanżowym spotkaniu I rundy pucharu UEFA z Realem Saragossa. Wisła wygrała jednak mecz 4:1, odrabiając straty z pierwszego spotkania i awansowała do następnej rundy po rzutach karnych. Baszczyński zagrał we wszystkich sześciu meczach w Europejskich Pucharach. Baszczyński sezon zakończył zdobyciem Mistrzostwa Polski oraz Pucharu Ligi z „Białą Gwiazdą”.