Po niedługim czasie, w 1904 roku, Miyake ponownie zawitał do kliniki Mikulicza, łącznie spędził w Breslau blisko cztery lata.
Niedługo po wyjeździe Japończyka, profesor Mikulicz zmarł na raka żołądka, sam wcześniej rozpoznając u siebie nieuleczalną chorobę. O śmierci nauczyciela Miyake dowiedział się z nekrologu w "Schlesischer Zeitung" z 16 czerwca 1905 roku. W 1908 roku, trzy lata po pogrzebie, Henriette von Mikulicz-Radecki podarowała Miyakemu maskę pośmiertną męża, jego portret pędzla Läwena oraz rękopisy. Po wojnie maskę odnalazł syn Hayari Miyakego – Hiroshi, który wykonał kilka kopii, zaś oryginał wysłał pocztą dyplomatyczną do wnuka Mikulicza – F. Anschütza. W liście z 27 kwietnia 1976 roku Hiroshi napisał, że kopie maski trafiły do klinik chirurgicznych w Japonii, gdzie będą przechowywane "na pamiątkę praojca naszej chirurgii" ("als das Andenken an den Urvater unserer Chirurgie"). W 2002 roku jedna z kopii została przekazana Klinice Chirurgicznej AM we Wrocławiu na ręce Bogdana Łazarkiewicza przez prawnuczkę profesora Miyake – Sumiko Hiki.
W 1904 roku Miyake powrócił do Japonii. Tam kierował katedrą w Szkole Medycznej Kiusiu (obecnie wydział chirurgii Uniwersytetu Kiusiu). W 1913 roku został prezesem Japońskiego Towarzystwa Chirurgicznego (założonego w 1901 roku).