O ile w granicach współczesnej Indonezji, poza prowincjami papuaskimi (na Nowej Gwinei), dominują języki austronezyjskie, to fakty archeologiczne sugerują, że tereny dzisiejszej Indonezji (również te poza bezpośrednim sąsiedztwem Nowej Gwinei) były pierwotnie zamieszkiwane przez ludność papuaską, która została praktycznie wyparta przez ludy austronezyjskie. Oznacza to, że języki papuaskie musiały obejmować znacznie szerszy obszar geograficzny, sięgając bardziej na zachód. Ich udokumentowanymi pozostałościami są najpewniej języki timor-alor-pantar oraz języki północnohalmaherskie, a przypuszczalnie także wymarły język tambora z wyspy Sumbawa. Ponadto wiele języków wschodniej Indonezji (np. z wysp Timor, Flores i Sumba czy z archipelagu Moluków), klasyfikowanych jako austronezyjskie, wykazuje wpływy papuaskiego podłoża językowego. Na wyspach na wschód od Nowej Gwinei prawdopodobnie również dominowały niegdyś grupy papuaskie, lecz podobnie jak we wschodniej Indonezji większość z nich została zastąpiona przez języki austronezyjskie.