W 1735 roku podpisał uchwałę Rady Generalnej konfederacji warszawskiejUchwała Rady Generalnej Konfederacji, 1735, s. 21.. Nadal zbierał również intratne starostwa. W 1744 r. mościskie, w 1750 złotoryjskie, a także później bohusławskie. Pozycję magnata utwierdziło mianowanie go przez króla w 1746 r. wojewodą krakowskim, jednym z trzech najbardziej prestiżowych świeckich urzędników senatorskich. W 1745 r. Branicki założył w Białymstoku pierwszą w Polsce uczelnię wojskową – Wojskową Szkołę Budownictwa i Inżynierii.
Lata dojrzałe thumb|upright|left|Jan Klemens Branicki; portret pędzla Augustyna Mirysa
thumb|upright|Jan Klemens Branicki
Wyrastającego na ważną postać publiczną i zdobywającego wpływy w wojsku hetmana starali się przeciągnąć na swoją stronę Czartoryscy. Celowi temu miało służyć małżeństwo Branickiego z młodą wówczas Izabellą Poniatowską (koniec 1748)Oboje małżonkowie nie dochowywali sobie wierności małżeńskiej.. Zabiegi te nie dały jednak długotrwałego rezultatu. Gdy w 1751 roku umarł hetman wielki koronny Józef Potocki, Branicki w naturalny sposób, ze względu na piastowane stanowiska i majątek, stał się przywódcą będącego w opozycji do Familii stronnictwa patriotycznego. Buławę wielką otrzymał 5 czerwca 1752 roku.