Osoby, na zeznaniach których Niemcom szczególnie zależało, przetrzymywano w izolatkach, zwykle dodatkowo zakutych w kajdany. Przebywali tu często kilka tygodni, a nawet miesięcy. Przesłuchania pojedynczej osoby mogły powtarzać się kilkadziesiąt razy – Wanda Ossowska, członek ZWZ, związana z wywiadem zagranicznym, była przesłuchiwana w alei Szucha 57 razy. W jednej z izolatek przez trzy miesiące był więziony, a w końcu zamęczony na śmierć, najwyższy przedstawiciel władz cywilnych Polskiego Państwa Podziemnego – delegat Rządu RP na Kraj Jan Piekałkiewicz. Wśród osób przetrzymywanych w tym miejscu byli m.in. Maciej Rataj, Antoni Kocjan oraz Irena Sendlerowa.
Podczas powstania warszawskiego Niemcy dokonywali tutaj masowych egzekucji Polaków, których zwłoki następnie palono w okolicznych budynkach oraz na skwerze u zbiegu Alej Ujazdowskich i alei Szucha. Był to również punkt rozdzielczy dla wypędzanej z zajętych przez Niemców południowych dzielnic Warszawy ludności cywilnej. Ludzi kierowano do obozów koncentracyjnych – poprzez obóz przejściowy w Pruszkowie, lub na roboty przymusowe do Niemiec.