Był dziekanem Wydziału Lekarskiego UJ, a w latach 1839–1841 i 1847–1848 pełnił urząd rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz jednocześnie prezesa Towarzystwa Naukowego Krakowskiego (do 1852 roku funkcje te były ze sobą połączone). Doktorat honoris causa krakowskiej uczelni otrzymał w 1867 roku.
Brodowicz od nowa zorganizował klinikę i zreformował nauczanie, ożywił pracę naukową. Pozostawił po sobie klinikę świetnie zorganizowaną. Stała się ona podwaliną dla późniejszego rozkwitu krakowskiej medycyny. W roku 1848 Brodowicz przyczynił się walnie do uratowania uczelni od zamknięcia, czym naraził się – jako rzekomy austrofil – na niechęć studentów i innych środowisk krakowskich. Rozgoryczony tą reakcją, zrezygnował z profesury i w 1850 r. przeszedł na emeryturę(M.Ż.K) Marek Żukow-Karczewski, Całe miasto mówiło... O Brodowiczu, „Echo Krakowa”, 15 XI 1994 r., nr 221 (14293)..
Maciej Józef Brodowicz był również autorem zabawnych wierszy, które wydał w zbiorze pt. „Kwiatki polne”.