Stał się zresztą wtedy przyczyną małego skandalu. W trakcie sejmowej walki z partią hetmańską Jana Klemensa Branickiego płomienne przemówienie w obronie władzy hetmańskiej wygłaszał biskup wileński Ignacy Jakub Massalski. Podczas przemowy przeciwnika politycznego biskup Czartoryski, wiedząc, że bracia zadbają o pomyślny przebieg obrad, zdrzemnął się i przewrócił na perorującego kolegę, co wywołało powszechną wesołość i zniszczyło efekt tyrady. W 1766 roku został wyznaczony senatorem rezydentemVolumina Legum, t. VII, Petersburg 1860, s. 222..
W swojej diecezji W diecezji poznańskiej Czartoryski zajął się pracą duszpasterską i gospodarczą. W 1744 r. odnaleziono, jak przypuszczano, w katedrze poznańskiej grób Bolesława Chrobrego. Z tej okazji biskup zorganizował uroczystości żałobne. W 1748 r. udał się do Wrocławia na konsekrację biskupa Philippa Gottharda von Schaffgotscha. Miało to na celu podkreślenie związków biskupstwa wrocławskiego z polską prowincją kościelną.