Zmarł 13 maja 2025 w Montevideo. Na wieść o jego śmierci, prezydent Urugwaju Yamandú Orsi w oświadczeniu powiedział że „Dziękujemy za wszystko, co nam dałeś i za twoją głęboką miłość do twojego ludu”, oraz zarządził trzydniową żałobę narodową w dniach 14–16 maja, trzydniową żałobę ogłoszono również w Brazylii, a jednodniową na Kubie. Kondolencje i wyrazy szacunku wyrazili również m.in. prezydent Chile Gabriel Boric, prezydent Meksyku Claudia Sheinbaum, premier Hiszpanii Pedro Sánchez, była prezydent Argentyny Cristina Fernández de Kirchner i były prezydent Boliwii Evo Morales. Ciało Mujiki zostało później skremowane i pochowane w jego domu pod sekwoją, którą sam zasadził, obok swojej suczki Manueli.
Ordery i odznaczenia Łańcuch Orderu Wyzwoliciela San Martina (Argentyna, 2021) Wielki Łańcuch Orderu Krzyża Południa (Brazylia, 2024) Krzyż Wielki Klasy Specjalnej Orderu Boyacá (Kolumbia, 2024) Wielki Kołnierz Orderu Narodowego San Lorenzo (Kolumbia, 2014) Wielki Łańcuch Orderu Narodowego Zasługi (Ekwador, 2014) Krzyż Wielki Orderu Francisco Morazána (Honduras, 2025) Łańcuch Orderu Orła Azteckiego (Meksyk, 2014) Krzyż Wielki Orderu Manuela Amadora Guerrero (Panama, 2017) Łańcuch Orderu Zasługi (Paragwaj, 2010) Łańcuch Orderu Słońca Peru (Peru, 2011) Order Flagi Republiki Serbskiej II Klasy (Republika Serbska, 2016)