Podzielił on swoje państwo na dwie części pomiędzy syna Filipa II i brata Ferdynanda, który otrzymał Austrię wraz z przyległymi ziemiami. Tym samym nastąpił podział dynastii Habsburskiej na dwie części hiszpańską i austriacką. W 1564 r. cesarz podzielił austriackie ziemie Habsburgów pomiędzy swoich synów. Austrię otrzymał Maksymilian II, późniejszy cesarz, król Węgier i Czech. Styrię, Karyntię i Karniolę odziedziczył arcyksiążę Ferdynand II, a Tyrol i szwabskie posiadłości Habsburgów arcyksiążę Karol. Maksymilian II władca Austrii w swojej polityce działał jako cesarz w Niemczech, prowadził wojnę z Turcją z którą w 1568 roku zawarł rozejm z rządem sułtana Selima II na mocy którego Habsburgowie mieli płacić trybut Turkom. Próbował zdobyć tron elekcyjny dla dynastii w Rzeczypospolitej. W pierwszej wolnej elekcji jego syn Ernest nie został wybrany na króla, natomiast zwyciężył Francuz Henryk Walezy co było klęską dla monarchii Habsburskiej, która walczyła o dominację w całej środkowej Europie. Sam Maksymilian uczestniczył w drugiej wolnej elekcji w 1575 roku i został wybrany na króla polski, lecz jego przeciwnicy wybrali Stefana Batorego. Maksymilian nie chciał zatwierdzić pactów conventów i starania o polską koronę zakończyła jego śmierć w 1576 roku.