Jego następcą był Rudolf II Habsburg, który rozpoczął III wojnę austriacko-turecką w 1593 roku. Przyczyną rozpoczęcia wojny była odmowa płacenia trybutu Turkom. W 1609 roku wydał List majestatyczny na mocy którego dawał pewne swobody protestantom w Czechach i na Śląsku, lecz nie przestrzegał ich co w konsekwencji doprowadziło do wybuchu wojny trzydziestoletniej. Próbował przejąć tron polski prowadząc pertraktacje z Zygmuntem III Wazą. Wskutek choroby został zastąpiony na tronie poprzez brata Macieja. Kolejny na tronie zasiadł Ferdynand II. W czasie wojny trzydziestoletniej działania wojenne toczyły się w Czechach, wybuchło powstanie na Węgrzech, które zostało stłumione przy pomocy lisowczyków wysłanych na pomoc przez króla polskiego w 1620 roku.
Bitwa pod Wiedniem thumb|upright=1.2|Juliusz Kossak, Sobieski pod Wiedniem, 1882
Tureckie zagrożenie dla Europy Środkowo-Wschodniej nie słabło, w 1683 roku Turcy pod wodzą wezyra Kara Mustafy zagroziły swoimi wojskami bezpośrednio stolicy Austrii. Władca Austrii Leopold poprosił polskiego króla Jana Sobieskiego o pomoc wojskową.