Wystąpił jako Henry McNeeley w sitcomie Zakręcony (Stark Raving Mad, 1999–2000).
thumb|Neil Patrick Harris na gali rozdania nagród GLAAD, 2007
W 1995 zadebiutował na scenie Off-Broadwayu jako Lester Price w sztuce Szczęście, zryw i cnota (Luck, Pluck, and Virtue) u boku Siobhan Fallon Hogan. W 1997 odniósł sukces dzięki roli Marka Cohena w musicalu Jonathana Larsona Rent (Czynsz). Potem w Old Globe Theatre w Balboa Park w San Diego wystąpił jako Romeo Montague w Romeo i Julia (1998). W kolejnych latach zagrał: Tobiasa Ragga w Sweeney Todd Stephena Sondheima w San Francisco Symphony Orchestra (2001). Na Broadwayu wystąpił w roli Hala w Dowodzie (Proof) w Manhattan Theatre Club (2002), biseksualnego Emcee’ego w Kabarecie (Cabaret) Christophera Isherwooda w Stephen Sondheim Theatre (2003) i Lee Harveya Oswalda/Balladeera w Zabójcach (Assassins) w Roundabout Theatre (2004). Zagrał młodego Antona/Burta Sarrisa w The Paris Letter w Roundabout Theatre (2004), Jona w Tick, Tick... Boom!