Endoskop jest wprowadzany w kierunku dystalnym jelita na największą możliwą odległość, i wtedy napełniany jest balon na jego końcu. Balon na końcu tuby jest wtedy opróżniany a tuba zsuwana na koniec aparatu, i wtedy balon na jej końcu jest ponownie wypełniany. Cykl wprowadzenie endoskopu-przesunięcie tuby-cofnięcie endoskopu razem z tubą jest powtarzany dopóty, dopóki całe jelito cienkie nie zostanie obejrzane.
Enteroskopa dwubalonowa może też być wykonana od strony zastawki krętniczo-kątniczej (retrograde fashion).
Wskazania krwawienie z przewodu pokarmowego o nieustalonej przyczynie niedokrwistość z niedoboru żelaza przy prawidłowym wyniku kolonoskopii i gastroskopii diagnostyka i (lub) zabiegi terapeutyczne w chorobie Leśniowskiego-Crohna z zajęciem jelita cienkiego diagnostyka i (lub) zabiegi diagnostyczne w zespołach polipowatości weryfikacja nieprawidłowości rozpoznanych w endoskopii kapsułkowej lub badaniu radiologicznym ECPW u pacjentów z zespoleniem omijającym