Pierwszy egzemplarz wersji D-0 dostarczono w październiku 1942 roku, a produkcja kolejnych 44 maszyn tej wersji rozpoczęła się w lutym 1943 roku. Si 204D-1 – wersja seryjna samolotu szkolnego, budowana przez zakłady Aero w Protektoracie Czech i Moraw od marca 1943 roku, przez zakłady ČKD/BMM od czerwca/lipca 1943 roku do września 1944 roku. Samoloty tej wersji produkowane były również przez zakłady SNCAC od września 1943, aż do wyzwolenia zakładów w sierpniu 1944 roku. Produkcja tej wersji miała zostać zakończona w zakładach Aero w marcu 1945 roku po wyprodukowaniu 486 egzemplarzy, po czym miano kontynuować budowę wyłącznie samolotów w wersji D-3, ale składanie samolotów w wersji D-1 trwało aż do końca wojny. Si 204D-3 – wersja samolotu szkolnego wyposażona w drewniane skrzydła oraz część ogonową o konstrukcji metalowo-drewnianej. Jej produkcja rozpoczęła się w październiku lub listopadzie 1944 roku w zakładach Aero i trwała do końca wojny. Si 204E-0 – w lipcu 1944 roku pięć egzemplarzy Si 204D wyznaczono do przebudowy na samoloty do treningu załóg bombowych w nocy. Miały one być wyposażone w wieżyczkę z karabinem maszynowym oraz mogły przenieść 4 bomby o masie 250kg każda.