Nie podjęto produkcji seryjnej. NC.701/NC.702/NC.703 – wersje produkowane po wojnie we Francji C-3/C-103 – wersje produkowane po wojnie w Czechosłowacji
Użycie w lotnictwie Samoloty Si 204A trafiły głównie do jednostek łącznikowych i kurierskich Luftwaffe, gdzie służyły do przewozu oficerów wyższego szczebla. Część z maszyn trafiła do szkół lotniczych.
Samoloty Si 204D używane były głównie w szkołach pilotażu zaawansowanego (FFS - Flugzeugführerschule) typu B i C, oznaczanych odpowiednio FFS B i FFS C. Rzadko stosowano samolot zgodnie z przeznaczeniem, czyli do szkolenia pilotażu według przyrządówM. Murawski Samoloty Luftwaffe.
Część samolotów używana była przywożenia z frontu pilotów fabrycznych, dostarczających samoloty bojowe z zakładów do jednostek bojowych.