większa część prawosławnej warstwy urzędniczej nie udzielała się czynnie w życiu parafii (z obawy przed utratą stanowisk).
W okresie II wojny światowej i w pierwszych latach po jej zakończeniu proboszczem był ks. Dymitr Stempkowski, przybyły ze zlikwidowanej w 1938 parafii w Majdanie Kniażpolskim koło Biłgoraja. W latach 1939–1941 i 1944–1946 parafia podlegała Rosyjskiemu Kościołowi Prawosławnemu. W 1940 okupacyjne władze radzieckie skonfiskowały ponad 36 ha gruntów parafialnych, przeznaczając je pod budowę lotniska. Rozebrano też niektóre przycerkiewne budynki gospodarcze. W 1941 reaktywowano parafię Woskresieńską; po tym zdarzeniu parafia Michajłowska liczyła 1332 wiernych. Pod koniec 1945 proboszcz zaczął czynić starania o ponowne włączenie parafii do Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego, co nastąpiło w 1946. Ówczesny wikariusz, duszpasterz młodzieży parafialnej ks. Konstanty Bajko został w 1946 zesłany przez władze komunistyczne na Syberię.