Rządy krzyżackie W sierpniu 1308 roku miasto opanowali Brandenburczycy, jednak bez grodu, bronionego przez sędziego Boguszę. Krzyżacy, wezwani przez Łokietka (za radą gdańskich dominikanów) do pomocy przy usunięciu Brandenburczyków, zajęli już w październiku część grodu i po nadejściu posiłków zaatakowali miasto. 13 listopada 1308, po wycofaniu się Brandenburczyków, Krzyżacy pod dowództwem Henryka von Plotzke dokonali rzezi mieszkańcówKazimierz Jasiński, Historia Gdańska t. I, s. 324.. Po otrzymaniu skargi strony polskiej papież Klemens V powołał komisję w tej sprawie.
W roku 1343 zawarto układ pokojowy z Krzyżakami, w wyniku którego król Kazimierz III Wielki zrzekł się Pomorza Gdańskiego. W tym samym roku prawa miejskie otrzymało Główne Miasto. 31 lipca 1346 wielki mistrz krzyżacki Heinrich IV Dusemer von Arfberg wydał dokument, który zlikwidował resztki działania prawa miejskiego według wzoru lubeckiego i zastąpił je prawem chełmińskimMarian Biskup, Historia Gdańska t. I, s. 355.. W latach 1361, 1378, 1411 i 1416 wybuchały krwawo tłumione powstania antykrzyżackie.