Gdańsk został zwolniony z prawa nabrzeżnego, a także dopuszczono przedstawicieli ziem pruskich do elekcji króla PolskiMarian Biskup, Historia Gdańska t. I, s. 600..
Gdańsk przystąpił do wojny trzynastoletniej w roku 1455; gdańszczanie złożyli hołd Kazimierzowi Jagiellończykowi, a 25 maja 1457 – podobnie jak Toruń – miasto otrzymało tzw. Wielki Przywilej, zapewniający swobodny przywóz towarów Wisłą z Polski, Litwy i Rusi bez konieczności kontroli oraz inne przywileje, które miały wynagrodzić miastu wkład w wojnę. Zawarcie w 1466 roku pokoju toruńskiego zagwarantowało Prusom Królewskim oraz Warmii pozostanie przy Polsce. W traktacie umieszczono zapis, że Gdańsk należy do PolskiHenryk Samsonowicz, Historia Gdańska t. II, s. 73–74..
thumb|Mury miejskie Gdańska, ok. 1550 W 1467 król zlikwidował urząd gubernatora i powołał, na wzór Korony, tytuł capitaneus Prussiae Generalis. Utworzono województwo pomorskie, w którym utworzono urzędy kasztelanów, podkomorzych i sędziów, którzy wchodzili w skład tzw. rady pruskiej. W jej skład po dwóch wchodzili też przedstawiciele Gdańska, Elbląga i Torunia. Dla tych miast król powołał też starostów.