Biskup krakowski – początek posługi i I wojna światowa 8 listopada 1911 cesarz Franciszek Józef mianował go biskupem diecezjalnym diecezji krakowskiej. Konsystorz papieski przyjął tę nominację 27 listopada i tego samego dnia papież Pius X ogłosił bullę nominacyjną. Sakrę biskupią Sapieha otrzymał z rąk papieża Piusa X w kaplicy Sykstyńskiej 17 grudnia 1911. Współkonsekratorami byli arcybiskup Augusto Silj, konsultor Kongregacji Soboru, oraz biskup Agostino Zampini, wikariusz generalny Watykanu. W ceremonii uczestniczyli także arcybiskup Józef Teodorowicz, arcybiskup greckokatolicki Lwowa Andrzej Szeptycki, biskup pomocniczy lwowski Władysław Bandurski, biskup pomocniczy krakowski Anatol Nowak oraz biskup przemyski Józef Sebastian Pelczar.
Ingres do katedry wawelskiej Sapieha odbył 3 marca 1912 w obecności rodziny, ośmiu biskupów, dwóch ministrów, marszałka krajowego Galicji Stanisława Badeniego oraz namiestnika Galicji Michała Bobrzyńskiego. Z okazji ingresu zorganizował poczęstunek dla ubogich w Domu Pracy na Kazimierzu.