14 grudnia 1919 interweniował w Watykanie w sprawie wizytatora apostolskiego w Rzeczypospolitej Achille Rattiego ze względu na jego domniemane proniemieckie stanowisko w sprawie przynależności państwowej Górnego Śląska. Spierał się następnie z Rattim, wówczas już nuncjuszem apostolskim, sprzeciwiając się jego dążeniom do podpisania z Polską konkordatu. Sapieha, jeden z nielicznych tak ustosunkowanych w Episkopacie Polskim, był zdania, że Kościół polski powinien być całkowicie niezależny od władzy świeckiej. W przeciwieństwie do Rattiego, który zrównywał wagę tytułów prymasowskich, przynależących na skutek rozbiorów zarówno arcybiskupowi gnieźnieńskiemu, jak i arcybiskupowi warszawskiemu, domagał się uznania tradycyjnego prymatu arcybiskupa gnieźnieńskiego wśród polskich biskupów. Podczas pierwszego wspólnego powojennego zjazdu polskich biskupów w Gnieźnie (26–30 sierpnia 1919) poprosił Rattiego o opuszczenie sali obrad, gdyż, jak twierdził, „Kościół polski chce rozstrzygać swoje sprawy bez wpływów zewnętrznych”J. Marecki, F. Musiał (red.), Niezłomni. W obronie Ojczyzny i Kościoła, Kraków 2008, s. 10–11..