Haffkine kontynuował naukę pod okiem mikrobiologa Ilji Miecznikowa. Jednak po przeprowadzonym w 1881 roku zamachu na życie cara Aleksandra II, sytuacja mniejszości żydowskiej w Imperium Rosyjskim uległa znacznemu pogorszeniu. Od tamtej pory rząd podjął zakrojone na szeroką skalę działania mające na celu stały nadzór społeczności żydowskiej, w tym obserwację osób uznanych przez władze za podejrzane np. inteligencji. Rosnąca w społeczeństwie rosyjskim niechęć do Żydów doprowadziła do licznych aktów przemocy. Haffkine jako członek prześladowanej społeczności dołączył do ugrupowania, którego celem było przeciwstawianie się antyżydowskiej przemocy w Imperium Rosyjskim. Podczas jednego z pogromów stanął w obronie domu zamieszkiwanego przez żydowską rodzinę. W wyniku tego, co zaszło został zatrzymany. Waldemara zwolniono z aresztu dopiero po interwencji Miecznikowa.
Społeczna nagonka zmusiła nauczyciela Haffkine'a, Miecznikowa, do rezygnacji ze stanowiska obejmowanego na Imperatorskim Uniwersytecie Noworosyjskim. Ostatecznie za namową Ludwika Pasteura Miecznikow udał się do Paryża, gdzie podjął pracę naukową w Instytucie Pasteura.
W 1888 Haffkine wyjechał do Szwajcarii. Tam został zatrudniony na Uniwersytecie Genewskim.