Rok później przeniósł się do Paryża i dołączył do zespołu Pasteura.
Pierwsze badania Haffkine rozpoczął swoją karierę naukową na Imperatorskim Uniwersytecie Noworosyjskim w Odessie. Wówczas obszar jego zainteresowań obejmował zakres zagadnień z dziedziny protozoologii. Po przeprowadzeniu się do ParyżaFokin, Sergei I. & Görtz, Hans-Dieter (2009). "Diversity of Holospora bacteria in Paramecium and their characterization". In Fujishima, Masahiro. Endosymbionts in Paramecium. Microbiology Monographs. Volume 12. Springer. . s. 164–165 kontynuował swoje badania nad protistami z rodzaju Euglena i Paramecium. Prowadził również eksperymenty związane z pasożytniczą bakterią Holospora. Po roku 1890 naukowiec skupił całą swoją uwagę na bakteriologii.
Jeden z rodzajów euglenin (Khawkinea) został nazwany na cześć Haffkine′a.
Szczepionka przeciw cholerze W XIX wieku kraje Azji i Europy zmagały się z nawracającym problemem pandemii. Na przestrzeni tych stu lat doszło aż do pięciu epidemii cholery – choroby, którą cechuje wysoka śmiertelność. Badaniami nad odkryciem czynnika etiologicznego zajmowało się równocześnie wielu naukowców.