Po bitwie koło Strugi (część Płoni) w 1121 książę Bolesław Krzywousty ponownie przyłączył miasto do Polski, książę Warcisław I uznał jego zwierzchność, złożył Krzywoustemu hołd lenny, zobowiązał się płacić co roku trybut w wysokości 300 grzywien i dostarczać posiłki wojskowe. Oprócz tego Warcisław musiał zgodzić się, by Bolesław przysłał na Pomorze misjonarzy chrześcijańskich pod przywództem bpa Ottona z Bambergu. Założone przez nich biskupstwo pomorskie (1140–1535) z siedzibą w Wolinie (do 1175 r.) i Kamieniu Pomorskim (do 1535 r.decyzją sejmiku trzebiatowskiego (1534) księstwo przeszło na protestantyzm (luteranizm)) podlegało kościelnej metropolii gnieźnieńskiej. W 1185 miasto, wraz z Pomorzem Zachodnim, zostało lennem Danii, a następnie w 1235 stało się lennikiem cesarza i weszło w skład Świętego Cesarstwa Rzymskiego.
W 1243 książę Barnim I nadał Szczecinowi magdeburskie prawa miejskie. W kolejnych latach miasto nabywało kolejne tereny: w 1283 jezioro Dąbie, a w 1321 – Police. W XIII wieku Szczecin stał się miastem hanzeatyckim.