W sierpniu cesarz Ōgimachi nadał mu tytuł regenta – kampaku.

Od tego momentu na drodze do kontroli nad całym krajem stały jeszcze dwa bardzo silne klany: Shimazu na Kiusiu i Hōjō w okolicy dzisiejszego Tokio. Pierwszy z nich usunął Hideyoshi w 1585 r. Jego licząca 120 tys. armia zmusiła Shimazu do podporządkowania się i wycofania do trzech prowincji: Satsuma, Osumi i Hyūga. Większą część ziem nadał swoim generałom, co było jego wypróbowaną strategią na pacyfikowanie zdobytych terenów.

Ziemie klanu Hōjō zostały podbite dopiero w 1590 r. W sierpniu tego samego roku daimyō ostatniego z niezależnych rodów popełnił samobójstwo w zamku Odawara obleganym przez wojska Ieyasu Tokugawy, który walczył u boku Hideyoshiego w zamian za nadanie prowincji Mikawa i Tōtomi. Od tej chwili Toyotomi przez swych wasali sprawował władzę nad całą ówczesną JaponiąW tamtym czasie nie obejmowała ona Hokkaido, którego kolonizację Japończycy prowadzili w XIX wieku..

Po 1590 r. Hideyoshi był zaprzątnięty kolejnymi podbojami. Ponoć pod koniec życia stał się niesamowicie pyszny i chciał sobie zapewnić boską cześć. Rozpoczął wojnę z Koreą, planując następnie podbój Chin. Jedna z teorii głosi, że wysyłając wojska feudalnych władców (daimyō) na kontynent, chciał osłabić wewnętrzną opozycję.