Oprócz prawosławnych i Ormian tolerancją cieszyli się w Polsce Tatarzy, zamieszkujący niektóre miasta i liczniej wsie litewskie, Żydzi, a także Karaimi.
W opozycji do panujących na Zachodzie zasad kształtowała się w Polsce w XV stuleciu doktryna o stosunku państwa do pogan, a reprezentantem jej był biskup poznański Andrzej Łaskarz i Paweł Włodkowic z Akademii Krakowskiej. W pierwszych latach reformacji protestanckiej posypały się edykty królewskie przeciwko reformatorom, ale ich realizacja daleka była od doskonałości. Sam król Zygmunt Stary uznał w 1525 r. nie tylko sekularyzację Prus Książęcych, ale jako pierwszy panujący uznał luteranizm w Prusach za religię oficjalną, przy zagwarantowaniu katolikom tolerancji. Biskup Andrzej Krzycki, broniąc traktatu krakowskiego z 1525 r., powoływał się na fakt, iż w Polsce z dawien dawna obok katolików zgodnie współżyją ze sobą Rusini, Ormianie, Żydzi i Tatarzy; w tej wspólnocie jest także miejsce dla luteranów w Prusach Książęcych.