Tolerancję otrzymali również anabaptyści, którzy przybyli do Polski w 1535 r., a także menonici, którzy zjawili się w Polsce w 1526 r. W latach 1557–1559 król Zygmunt August zagwarantował miastom pruskim swobodę wyznania augsburskiego, a w układzie wileńskim w 1561 r. otrzymały ten sam przywilej Inflanty, w których król zagwarantował szlachcie i mieszczaństwu wolność wyznania luterańskiego zabezpieczając równocześnie tolerancję dla katolicyzmu.
thumb|right|Sytuacja wyznaniowa w I Rzeczypospolitej 1573
Od zgody sandomierskiej do konfederacji warszawskiej
thumbnail|right|Zygmunt III WazaPortret pędzlaMarcina Kobera ok. 1590 r. W 1570 roku przedstawiciele luteran, kalwinistów i Braci Czeskich, zamieszkujących Rzeczpospolitą, zjechali się do Sandomierza gdzie doszło do zawaracia zgody, polegającej na wzajemnym uznaniu się za wyznania chrześcijańskie i wspólnemu występowaniu wobec katolickiej większości. Wykluczyli przy tym ze swego grona arian, którzy zostali uznani za heretyków. Dysydenci przedstawili sejmowi w 1570 r. projekt konstytucji gwarantujący wolność wyznania wszystkim, aby „wolno było każdemu wedle sumienia jego wierzyć” na zasadzie równouprawnienia z katolikami i prawosławnymi. Ale projekt ten wówczas nie został przyjęty.