Wielkiemu marszałkowi koronnemu, którym był podówczas kalwin Jan Firlej, przyznano prawo ogłoszenia wyboru nowego króla.
Przygotowana w pierwszych dniach stycznia konfederacja warszawska miała na celu uregulowanie spraw związanych z wyborem nowego władcy, a także zapewnienie bezpieczeństwa w kraju pozbawionym króla. Kwestia pokoju religijnego była jedną z kilku poruszonych w uchwale, jednak wywołującą największe kontrowersje. Choć w opracowaniu tekstu brali udział biskupi katoliccy, w tym także Karnkowski i prymas Uchański, episkopat odmówił zatwierdzenia konfederacji, jednocześnie zobowiązując się do przestrzegania i bronienia pokoju powszechnego w krajuNiemyjski 2008, s. 57-60. Przyjęty przez sejm akt konfederacji podpisali jedynie biskup krakowski i podkanclerzy koronny Franciszek Krasiński oraz biskup kamieniecki Dionizy SecygniowskiNiemysjki 2008, s. 70.
Akt konfederacji warszawskiej w sprawach religijnych postanawiał i gwarantował: bezwarunkowy i wieczysty pokój między "rozróżnionymi w wierze" (dissidentes in religione) niewszczynanie pod żadnym pozorem walk pod pretekstem religii szlachcie prawo do narzucania własnego wyznania swoim poddanymAugustyniak 2008, s.