Tymczasem 7 lipca 1572 r. zmarł ostatni z Jagiellonów, a obóz protestancki w obliczu nowej elekcji znalazł się bez gwarancji prawnych dla swego wyznania. Sprawa wyboru nowego króla była kluczowa dla obu stron, w Europie królowie decydowali o obliczu wyznaniowym kraju. Katolicy skupili się przy biskupie kujawskim Stanisławie Karnkowskim. Prymas Jakub Uchański był zwolennikiem reformy Kościoła, co zbliżało go do protestantów. Dysydentom przewodził marszałek wielki koronny Jan Firlej oraz wojewoda sandomierski Piotr Zborowski. Protestanci obawiając się nacisku ze strony licznej szlachty mazowieckiej, wiernej Kościołowi katolickiemu, postanowili, by wybór nowego króla odbył się w Bystrzycy pod Lublinem. Liczono bowiem, że lubelska szlachta protestancka zaważy na przyszłej elekcji. Katolicy natomiast, dążyli, by elekcja odbyła się pod Warszawą ze względu na liczną, katolicką szlachtę mazowiecką. Na sejmie konwokacyjnym (styczeń 1573) postanowiono, że króla będzie wybierał każdy szlachcic (viritim), a na miejsce elekcji wyznaczono Warszawę. Również zwycięstwem dla katolików było uznanie prymasa interreksem, który odtąd miał zwoływać zjazdy, mianować i koronować króla.