W ramach walki przeciwko rojalistom, Argyll spalił posiadłość hrabiego Montrose w Airlie. Przed tym incydentem, osobista niechęć i różnice zdań pomiędzy Montrose’em i Argyllem stopniowo prowadziły do otwartego konfliktu. Pierwszy z nich planował oskarżenie Argylla przed parlamentem o zdradę stanu podczas zbliżającej się wizyty króla Karola I w Szkocji. Jednak spisek został zdemaskowany, a Montrose'a i innych uczestników konspiracji uwięziono. Król, podczas swojej wizyty, zdał sobie sprawę, że został pozbawiony resztek wpływów i władzy w hrabstwie Argyll. Karolowi pozostało w gestii uczynienie ustępstw i przyznanie przywilejów. Król przekazał kompetencje sądownicze i polityczne parlamentowi. Poza tym w roku 1641 nadał Argyllowi tytuł markiza. W międzyczasie dokonano nieudanej próby porwania Argylla, Hamiltona i Lanarka. Argyll odegrał znaczącą rolę w czasie tego kryzysu, utrzymując lojalność partii narodowej i uzyskując porozumienie z tzw. Długim Parlamentem w roku 1643.