XX wieku nastąpił podział Krajowej Państwowej Komunikacji Samochodowej w Warszawie, w wyniku czego w 1990 roku rozpoczęło działalność Przedsiębiorstwo Państwowej Komunikacji Samochodowej w Kłodzku.
W 2002 roku przedsiębiorstwo rozpoczęło działalność jako jednoosobowa spółka Skarbu Państwa pod nazwą Przedsiębiorstwo Komunikacji Samochodowej w Kłodzku S.A., która w 2009 roku została przejęta przez powiat kłodzkiP. Gołębiowski, Autobusy w regionie wracają znów do łask, artykuł w „Gazecie Wrocławskiej” z 28.07.2009 roku [on-line] [dostęp 2013-02-02]..
Rok 2014 PKS Kłodzko zakończył stratą w wysokości niemal 700 tys. zł, 2015 – ponad 300 tys. zł, a 2016 – prawie 60 tys. zł. W 2017 przedsiębiorstwo osiągnęło ok. 80 tys. zł zysku, a w ciągu 10 miesięcy 2018 zysk osiągnął poziom 177 tys. 391 zł 06 gr.
W 2018 PKS obsługiwał nieco ponad 400 połączeń lokalnych i dalekobieżnych, w tym uruchomione w tamtym czasie połączenia Stronie Śląskie - Wrocław - Stronie Śląskie (w weekendy), Lądek-Zdrój – Katowice – Lądek-Zdrój (codziennie) i Bystrzyca Kłodzka – Domaszków – Bystrzyca Kłodzka (w dni nauki szkolnej kursy). 1 stycznia 2019 do i ze Stronia Śląskiego wydłużono jedną z par autobusów kursujących dotychczas w krótszej relacji Bystrzyca Kłodzka – Lądek-Zdrój – Bystrzyca Kłodzka.