Jednocześnie, 5 listopada 2019 PKS Kłodzko zawiesił do wakacji obsługiwaną przez siebie linię Kudowa-Zdrój - Zakopane (447 km). Zaprzestano również obsługi jednej pary kursów z Kłodzka do Międzygórza, jednej z Bystrzycy Kłodzkiej do Bolesławowa i jednej z Kłodzka do Międzylesia.
Z powodu pandemii koronawirusa COVID-19, 21 marca 2020 przedsiębiorstwo zawiesiło wszystkie połączenia autobusowe, co spowodowało drastyczne pogorszenie się sytuacji finansowej przedsiębiorstwa i konieczność jego restrukturyzacji. W czerwcu 2020 ruch autobusowy wznowiono. We wrześniu 2020 wznowiono połączenie Bystrzyca Kłodzka - Wilkanów - Międzygórze. Rozkład jazdy ważny od 1 stycznia 2021 przewidywał 29 kursów dziennie. W związku z trudną sytuacją finansową rozpoczęto restrukturyzację przedsiębiorstwa, wystawiając na sprzedaż 20 najstarszych autobusów, oraz 2 dworce autobusowe i dwie zajezdnie. Jednocześnie powiat kłodzki udzielił spółce pożyczkę w wysokości 585 tys. złotych, która miała zapewnić wzrost liczby połączeń z 35 do 74 od 1 lutego 2021, jednak bez połączeń do Międzygórza, które odtworzono dopiero latem 2021. 28 października 2021, w związku z ponownym zamknięciem szkół na czas epidemii, liczbę kursów zmniejszono z 63 do 35.