Doceniono nowatorski sposób ukazania wydarzeń wojennych z perspektywy ich szeregowych uczestników, równoległe ukazywanie punktu widzenia obydwu stron, a zarazem wyjątkową atmosferę utworu.
Późniejsi krytycy byli mniej przychylni wobec Salambo – mimo docenienia rozmachu utworu i talentu narracyjnego Flauberta, powieść ta zyskiwała o wiele niższe oceny niż Pani Bovary czy Szkoła uczuć, jako nienaturalna, pełna umyślnie przejaskrawionych epizodów i przesadnie eksponująca okrucieństwo. Krytycy ci wychodzili z założenia, że Flaubert, pragnąc za wszelką cenę "odciąć się" od Pani Bovary i jej stylistyki, celowo skonstruował Salambo jako jej zupełne zaprzeczenie – pomimo istniejących podobieństw w psychologicznym rysie obydwu bohaterek.
W 1864 powieść została umieszczona przez Watykan w Indeksie ksiąg zakazanych. Wielkim obrońcą i miłośnikiem Salambo był György Lukács, który uznał ją za wzorcową powieść historyczną. Z taką interpretacją nie zgadzał się inny badacz francuskiej powieści dziewiętnastowiecznej Victor Brombert, którego zdaniem utwór, chociaż utrzymany w historycznej konwencji, był przede wszystkim opowieścią o świętokradztwie, naturze bogów i zakazanej namiętności, zaś Flaubert, nie chcąc dopuścić do nowego skandalu obyczajowego, zatuszował te skandalizujące motywy wśród wielości krwawych scen bitewnych.