Wycofanie się wojsk bizantyńskich wywołało jednak wybuch wrogich cesarzowi nastrojów w mieście. Nocą Aleksy III, z ukochaną córką Ireną, kilkoma współpracownikami i 10 tysiącami złotych monet wymknął się z Konstantynopola i zbiegł do Tracji.
Tułaczka Władzę w Konstantynopolu objął z powrotem Izaak II i jego syn Aleksy, jako Aleksy IV. Wyprawa młodego cesarza na brzeg tracki, wspomagana przez Bonifacego z Montferratu zmusiła Aleksego III do zamknięcia się w twierdzy Mosynopolis, skąd mógł już tylko śledzić kolejne wydarzenia prowadzące do powolnej katastrofy państwa. Na początku lutego Aleksy IV zginął w więzieniu, a jego następcą został Aleksy V Murzuflos, który dla wzmocnienia swej pozycji poślubił córkę Aleksego III, Eudoksję. 13 kwietnia 1204 roku Konstantynopol, został zdobyty przez krzyżowców. Aleksy V, zięć Aleksego III, wraz ze swą żoną zbiegł z Konstantynopola do Mosynopolis. Aleksy III, władający ciągle jeszcze częścią europejskich ziem Cesarstwa, kazał go oślepić. Wybrany w maju 1204 roku cesarz łaciński Baldwin, obległ Mosynopolis i Aleksy zbiegł do Tesaloniki, a stamtąd pod naporem wojsk łacińskich dalej na południe do rządzonego przez Leona Sgurosa państewka. Wydał za Sgurosa swą córkę Eudoksję i próbował go nakłonić do podjęcia akcji zbrojnej przeciw krzyżowcom.