Odmiennie były katalogowane zasoby przekazane przez instytucje wojskowe i zaklasyfikowane do tzw. zbioru zastrzeżonego, do którego dostęp mieli mieć wyłącznie prezes IPN i Minister Obrony Narodowej. Zbiór zastrzeżony zawierał akta czynnych pracowników wywiadu wojskowego oraz tych, którzy winni byli pozostać anonimowi.
Plik katalogu zbioru niezastrzeżonego w nomenklaturze IPN nazywany bazą danych „Akta osobowe” jako pomoc archiwalna Biura Udostępniania i Archiwizacji Danych (BUiAD) IPN w Warszawie był dostępny do wglądu w warszawskiej czytelni IPN od listopada 2004. Został stworzony zgodnie ze stanowiskiem kolegium IPN z 29 października 2004. Dostęp nie był powszechny, gdyż zgodnie z ustawą o IPN wymagał złożenia wniosku umotywowanego celami naukowo-badawczymi i otrzymania zezwolenia. .
Katalog dotyczył tylko części teczek – zgromadzonych w warszawskim biurze IPN, czyli ok. 35% zasobów całego Instytutu. Jednocześnie wysocy funkcjonariusze IPN, łącznie z prezesem oceniali, że docelowo, po ukończeniu przejmowania i inwentaryzowania zasobów, katalog miał zawierać do 1,5 mln pozycji – później prof.