Głowice balistyczne tych pocisków przechwytywane miały być poza atmosferą, co oznaczało, iż system A-35 musiał działać w oparciu o inne pociski niż zależne od aerodynamiki pociski V-1000.
Prace eksperymentalne nad nowym systemem dla Moskwy oraz jego pilotażową (testową) wersją Aldan autoryzowane zostały w 1960 roku. Szefem projektu ustanowiony został Kisunko, ranga zaś kierowanego przez niego biura została podniesiona, czego odzwierciedleniem była m.in. zmiana oznaczenia SKB-30 na OKB-30.
W systemie pilotażowym Aldan zamierzano używać opracowanego przez Piotra Gruszina z biura OKB-2 nowego pocisku A-350. Opracowanie jądrowej głowicy dla tego pocisku powierzono instytutowi NII-1011 (Czelabińsk-70). Wraz z publikacją dekretu o rozpoczęciu prac nad systemem A-35 zamknięto wszystkie programy antybalistyczne prowadzone poza biurem OKB-30.
Wstępny projekt A-35 został zaakceptowany jesienią 1962. Zgodnie z tym projektem, System A-35 korzystać miał z głównego centrum dowodzenia, ośmiu radarów wczesnego ostrzegania umieszczonych w okręgu wokół Moskwy oraz 32 stanowisk bojowych.