W okresie unickim Parafia w Narwi najpóźniej w 1635 przyjęła postanowienia unii. W okresie unickim jej wyposażenie ulegało stopniowej latynizacji. Proces ten nasilił się po synodzie zamojskim, na którym wprost zalecono wstawianie do unickich świątyń organów, konfesjonałów i ołtarzy bocznych. Równocześnie cerkiew w Narwi zachowała elementy starszego wyposażenia, powstałego jeszcze dla cerkwi prawosławnej. W dokumentach wizytacji kanonicznej świątyni w 1727 wskazano, iż w budynku znajdowało się osiem dużych ikon, z czego cztery określono jako „moskiewskie”, co sugerowałoby prawosławne pochodzenie. W cerkwi nadal znajdował się ikonostas z królewskimi wrotami i jednymi drzwiami diakońskimi po stronie północnej. Ikonostas był dwurzędowy, w jego dolnym rzędzie znajdowało się sześć wizerunków. W części ołtarzowej znajdował się ołtarz z „bardzo starym” obrazem Boga Ojca oraz stół ofiarny (cs. żertwiennik) z ikoną Chrystusa Zbawiciela. Drugi ołtarz, z obrazem Najświętszej Maryi Panny, znajdował się w przedsionku. Na wyposażeniu cerkwi pozostawało ponadto cyborium, patena, dwa krzyże służące do udzielania błogosławieństwa i krzyż procesyjny. W budynku przechowywano księgi liturgiczne i religijne, w tym drukowane Kazusy Zamojskie. Ogólny stan świątyni oceniono jako nie najlepszy.