W 1918 tuż po zakończeniu działań wojennych mimo kar kościelnych wdał się w sprawę parafii niezależnej w Mstyczowie i został wybrany niezgodnie z prawem kanonicznym jej proboszczem. Naraziło go to na konflikt z kurią biskupią w Kielcach. Został oskarżony o podburzanie ludzi do zamieszek i trafił na dziesięć miesięcy do więzienia. Niedługo później popadł w spór z episkopatem polskim za opublikowanie broszury Kościół demokratyczny. Znów trafił na krótko do więzienia, a także został ekskomunikowany. Jego sprawa była poruszana przez posłów podczas obrad Sejmu Ustawodawczego Rzeczypospolitej Polskiej. W 1920 pojednał się z Kościołem rzymskokatolickim i odwołał głoszone przez siebie hasła. W 1921 powrócił jednak do Mstyczowa i ponownie rozpoczął organizowanie parafii niezależnej. W 1922 odszedł definitywnie z Kościoła rzymskokatolickiego i w następnym roku został kapłanem Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego.