Z wizytacji kanonicznej przeprowadzonej w 1596 r. w imieniu biskupa Hieronima Rozdrażewskiego przez ks. Macieja Dąbroskiego, kanonika kruszwickiego wynika, że kościół od niedawna był opuszczony. Święto poświęcenia kościoła przypadało w pierwszą niedzielę po św. Michale (29 września). Stwierdzono, że nawet najstarsi ludzie nic nie wiedzą na temat historii jego budowy i uposażenia. Komendarzem kościoła był proboszcz bydgoski. Sprawowali w nim msze św. wotywne zakonnicy i inni księża. Przy okazji odpustów odprawiano w nim msze św. dla wiernych z całego miasta. Jednak na co dzień nie przechowywano w świątyni Najświętszego Sakramentu. Posiadał trzy ołtarze, z tego ołtarz wielki z poświęconym portatylem. Każdy z ołtarzy oświetlały świeczniki cynowe umocowane w ścianie. W okolicy kościoła stało wówczas 11 domów, z których płacono czynsz proboszczowi.
Trzykrotnie kościół św. Idziego był wykorzystany dla potrzeb zakonników: w latach 1480–1485 wykorzystywali go bernardyni do czasu budowy po sąsiedzku własnego klasztoru i kościoła, w latach 1545–1559 służył ponownie bernardynom, do czasu odbudowy ich spalonej świątyni klasztornej, w 1553 r. opodal kościoła osiedliły się siostry trzeciego zakonu św.