Franciszka, w latach 1615–1618 używały ją siostry klaryski do czasu budowy klasztoru i kościoła na Przedmieściu Gdańskim; w 1612 świątynię uposażono czynszem z domu przy ul. Długiej.
W 1679 r. we Włocławku biskup Stanisław Sarnowski wystawił dokument przekazujący opuszczoną świątynię mieszczanom bydgoskim pochodzenia niemieckiego, aby mogli tutaj słuchać kazań w swoim języku. Kapelanem kościoła mógł być duchowny świecki lub zakonny, wybrany za wiedzą proboszcza bydgoskiego. W praktyce posługę sprawowali bernardyni z istniejącego po sąsiedzku klasztoru. Naprawy i remonty kościoła należały odtąd do wiernych pochodzenia niemieckiego, wraz z zapewnieniem potrzebnego sprzętu liturgicznego. Zezwolono również na powołanie przy świątyni niemieckiej szkoły parafialnej oraz chowania zmarłych na miejscowym cmentarzu. Wizytatorzy w 1699 i 1712 r. stwierdzili, że w świątyni są trzy ołtarze, a wszystkie sprawy formalne są w należytym porządku.