Od Popielnych postać dowiaduje się, że chcąc dowieść, że jest Nerevaryjczykiem, musi ukończyć siedem prób. Kiedy udaje jej się je wypełnić, zostaje uznana za wcielenie Nerevara – zarówno przez mieszkańców wyspy, jak i Trójcę, która dotychczas zakazywała jego kultu i skazywała na śmierć każdego, kto się za niego podawał. Nerevaryjczyk otrzymuje zaproszenie do pałacu Viveka, który wręcza mu Upiorną Opokę – rękawicę potrzebną by bezpiecznie użyć Czerpaka i Brzytwy, broni pozwalających zniszczyć Serce Lorkhana. Nerevaryjczyk udaje się do Czerwonej Góry, gdzie niszczy Serce i zabija Dagoth Ura, prowadząc do upadku Szóstego Domu. Wskutek jego działań Trójca traci boskie moce, a jej członkowie stają się na powrót śmiertelni.
Rozgrywka Morrowind jest fabularną grą akcji. Gracz wciela się w niej w Nerevaryjczyka swobodnie eksplorującego otwarty świat Vvardenfell, na który składają się m.in. dzikie ostępy, podziemia, jaskinie, osady czy fortece. Postać przemierza wyspę głównie pieszo, mogąc korzystać też z zaklęć teleportacyjnych przenoszących ją w określone miejsca, bądź wynająć łazika albo łódź.