Kierownikiem inspektoratu był zazwyczaj funkcjonariusz w stopniu inspektora lub starszego inspektora, kierownikiem komisariatu podkomisarz lub komisarz, kierownikiem placówki przodownik lub starszy przodownik.
Dla nadzoru nad Strażą Celną powołano naczelnego inspektora Straży Celnej, podległego bezpośrednio dyrektorowi departamentu ceł, a w terenie starszych inspektorów podległych dyrektorom okręgowych dyrekcji ceł. Inspektorat Naczelny oraz inspektoraty przy dyrekcjach ceł nie spełniali roli kierowniczej i rozkazodawczej w stosunku do placówek, komisariatów i inspektoratów granicznych. Sprawowali oni z ramienia władz celnych nadzór nad formacją i jej pododdziałami w terenie, czuwali nad wykonaniem przepisów i zarządzeń władz celnych i skarbowych wydanych w sprawach ochrony celnej granic.