Przy określaniu sposobów działania, zadań i struktury organizacyjnej Straży Celnej wzorowano się na byłej austriackiej straży skarbowej. Korpus Straży Celnej nie mając własnego ośrodka kierowania był zależny od centralnych i terenowych władz skarbowych i celnych. Jego zadania nie ograniczały się tylko do spraw granicznych, lecz także do ścigania przestępstw skarbowych i celnych oraz wykonywania funkcji pomocniczych w urzędach celnych i poza nimi. Strażnicy celni pełnili też służbę wartowniczą, konwojową lub dozoru na posterunkach celnych. Zadania mające związek z ochroną granicy często schodziły na plan dalszy.
Proces budowy nowej formacji napotykał od samego początku na duże trudności. Opóźnienia spowodowane były przede wszystkim skomplikowana sytuacją na froncie wschodnim. Dopiero klęska bolszewików pozwolił na kontynuację prac nad organizacją jednostek służby celnej. W okresie przejściowym, granicę północną, zachodnią i południową zabezpieczały Bataliony Wartownicze, którym na czas formowania się Straży Celnej zmieniono zakres obowiązków i nazwę na Bataliony Celne. Łącznie na granicy zachodniej i południowej utworzono dwadzieścia cztery inspektoraty graniczne oraz ponad sto czterdzieści komisariatów.