Nowe terytorium miasta określił odnowiony przywilej chełmiński z 1251 roku, który został wystawiony w miejsce starego, zniszczonego w pożarze. 13 sierpnia 1264 roku nadano prawa miejskie drugiej osadzie – Nowemu Miastu, od wschodu stykającemu się ze Starym Miastem. W 1454 roku oba miasta połączono, zachowując jednak dzielące je mury obronne.
W 1280 roku Toruń stał się członkiem Hanzy, bardzo ważnej organizacji handlowej średniowiecza w tej części Europy. Przez pewien okres Toruń pełnił funkcje sekretarza Hanzy. Zapewniało to znaczące źródło dochodów i impuls do wzrostu. Miasto szybko wypełniło się kościołami, ratuszem i innymi budynkami. W 1365 roku Toruń otrzymał prawo składu. XIV–XV wiek to pierwszy okres szybkiego rozwoju miasta. Toruń stał się ważnym miastem w Prusach i dużym ośrodkiem handlowym, liczącym aż 20 000 mieszkańców.